太白山自然保护区隶属省林业厅领导，属县级事业单位，编制100人。局机关设有党委办公室、行政办公室、保护科（防火办）、科研科、生态旅游科、公众教育科、计划财务科和基建办公室8个科室，同时下设蒿坪、鹦鸽、厚畛子、黄柏塬、嘴头5个保护站和铁甲树、小文公、红河谷、龙洞沟、塘口5个巡护哨卡1个中心苗圃。